In  search  of  bioactive  compounds,  3  fungal   isolates associated  with  soft  corals  were  isolated  from  Andaman  and  Nicobar  marine  water.  The  pure  cultures  were  obtained after  a  series  of  sub  culturing  done  and  were  maintained  on  slants  of   3  different  media,  Potato  Dextrose  Agar (PDA),  Sabouraud’s  Dextrose  Agar  (SDA)  and  Czapek’s  Solution  Agar  (CZSA)  for  the  further  experiments.  The spores  were  subjected  to  Lacto  Phenol  Cotton  Blue  staining procedure  for  the  morphological  characterization.  The  3 isolates  FS1,  FS2,  FS3  were  assayed  for  anti-microbial activity  against  5  pathogenic  bacteria  and  5  clinical  fungal strains  of  which  2  are  dermatophytes.  It  was  observed  that they  potently  inhibited  Streptococcus  and  E.coli  among bacteria  and  Candida  and  one  of  the  dermatophytes.  The isolates  were  further  screened  for  their  Protease  activity which  exhibited  positive  result.  The  secondary  metabolites produced  by  fungi  will  have  similar  characteristics  as  those of  soft  corals  in  which  they  live  in  symbiotic  association. So  fungi  associated  with  the  soft  corals  are  studied  for their  bio-active  compounds  as  it  is  easy  to  culture.